„Mistrz i Małgorzata” to powieść wielowarstwowa, którą czytać można na wiele sposobów, zawsze odkrywając w niej coś nowego. Niezmiennie jednak zawsze pozostanie opisem ówczesnej Rosji, niezwykłą historią metafizyczną oraz piękną opowieścią o miłości.
Każdy element powieści bierze udział w tworzeniu znaczeń niedosłownych. Mimo że obraz Rosji przedstawiony został realistycznie, to powieść przepełniona jest obrazami fantastycznymi i magicznymi. W opisywaniu „wewnętrznej” rzeczywistości Moskwy dominują groteska, satyra i nade wszystko absurd. W takim oto świecie pojawia się sam diabeł. Ma on jednak do spełnienia zacną misję – ocalić świat przed nienormalnymi warunkami ówczesnego życia. Jak podaje jedna z encyklopedii „komunizm okazał się bardziej szatański niż Woland”, bo koniec końców totalitaryzm jawi się jako niezniszczalny. Jedyną iskierką nadziei jest przebudzenie i świadomość jednostek.
Największe grzechy radzieckiej Rosji to nie korupcja i biurokracja (choć nikt przy zdrowych zmysłach nie lekceważy takich problemów w państwie), lecz terror strachu i pozbawienie obywateli prawa do prywatności. Lęk i poczucie osaczenia budzą w człowieku najgorsze emocje i ułatwiają popełnienie grzechu najcięższego – zaprzedania duszy, tym razem nie diabłu, lecz systemowi.
Osobnym problemem, mocno związanym z poprzednimi, jest tłumienie pierwiastka naprawdę twórczego. Nie bez powodu władze obawiały się otwartych umysłów i serc, wiadomo przecież, że łaknienie wiedzy, prawdy i piękna jest nie do pogodzenia z sowieckim ideałem sztuki. Los Mistrza jest po trosze losem samego Bułhakowa, po trosze zaś symbolem artysty w porewolucyjnym kraju radzieckim.
Wykorzystany w powieści wątek biblijny, poza tym, że stanowi treść dzieła Mistrza, jest też hołdem złożonym chrześcijańskim wartościom, których tak bardzo brakowało w Rosji na co dzień.Wydaje się, że tym co pozwalało przetrwać w nieludzkich realiach komunizmu, były mistyka i intuicyjna, elementarna umiejętność rozróżniania dobra i zła.
