W nocy, kiedy wszyscy już zasnęli, książę wymknął się z domu. Wsiadł na swojego ulubionego konia Ali-Babę. Galopował długo, cieszył się wyjątkową nocą. Nagle na jego drodze pojawiło się stado wilków. Chłopiec zdołał zabić przywódcę stada, zanim jednak to nastąpiło wilk bardzo go zranił. Po powrocie do zamku nikt nie potrafił pomóc chłopcu. Sprowadzono najlepszego lekarza z Chin. Doktor Paj-Chi-Wo obejrzał ranę i uleczył księcia. Podarował Mateuszowi czapkę bogdychanów. Miała ona chronić chłopca. Czas mijał, a wilki zbliżały się coraz bardziej do ludzkich osad. Coraz częściej napadały na ludzi. W końcu dotarły także do zamku. Mateusz postanowił użyć swojej magicznej czapki i wydostał się z budynku zamieniając się w szpaka. Niestety zgubił guzik, dzięki któremu mógł z powrotem przybrać ludzką postać. Został więc szpakiem i trafił do Akademii Pana Kleksa.
Los Mateusza przejął jednego z uczniów, Adasia. Chłopiec chciał za wszelką cenę pomóc biednemu szpakowi. Z uporem szukał guzika, jednak żaden nie był owym magicznym. Adaś prosił też o wsparcie Pana Kleksa, ten z kolei zbywał chłopca mówiąc, że historia została zmyślona. Adam prowadził pamiętnik, w którym można było znaleźć także wiele wzmianek na temat Pana Kleksa. Dowiadujemy się, że każdego ranka Pan Kleks zażywał płyn na pamięć, posiadał również tabakierkę, w której trzymał piegi. Nagradzał nimi uczniów, a sam naklejał je sobie na nos. Pan Kleks stawał się w nocy dużo mniejszy, dlatego potrzebował pompki, którą się napompowywał, a także w razie potrzeby powiększał różne przedmioty. Senny kwas służył nauczycielowi do zbierania snów z lusterek chłopców. Ciekawe były oczy, które Pan Kleks trzymał w piwnicy. Gdy mężczyzna zapragnął sprawdzić, co dzieje się w jakimś innym miejscu wystarczy, że umieścił oko w koszyku.
W akademii nauczało się przędzenia liter, kleksografii, leczenia zepsutych urządzeń. Geografia polegała na kopaniu globusa i mówienia nazw miast i państw. Pewnego dnia globus wymknął się spod kontroli i wpadł do jednej z furtek w ogrodzie akademii. Każda furtka prowadziła do jednej z bajek. Globus po krótkim czasie zwróciła Królewna Śnieżka w otoczeniu krasnoludków.
Codzienność chłopców to prysznic w soku, posiłki polane specjalnymi sosami oraz mundurki, które chłopcy musieli zakładać. Codziennie Pan Kleks zbierał ich senne szkiełka i oglądał ich sny. Najładniejsze nagradzał podając pastylkę poprawiającą marzenia senne.
Pewnego dnia Adaś jako jedyny z chłopców mógł wejść do kuchni. Poproszono go o pomoc w przygotowaniu obiadu. Dowiedział się wtedy z czego robi się posiłki. Składnikami były barwne szkiełka, farby, proszki. Chłopiec czuł się wyróżniony. Po obiedzie chłopcy zawsze bawili się w poszukiwaczy skarbów. Adaś i Artur przez przypadek dostali się do bajki „O Królewnie Żabce”. Ku ich zaskoczeniu natrafili na gwizdek, który jak się okazało przenosił w wybrane miejsce. Oprócz tego znaleźli klucz, który potrafił otworzyć każdy zamek. Przedmioty znalezione przez chłopców Pan Kleks uznał za najciekawsze.
Ze wszystkich umiejętności Pana Kleksa jedną uczniowie próbowali posiąść za wszelką cenę. Było nią latanie. W końcu Adasiowi jako jedynemu udało się wznieść w przestworza. Na początku wychodziło mu to dosyć nieudolnie, później jednak nauczył się panować na lataniem. Trafił do psiego raju. Spotkał tam swojego dawnego pupila Reksa. Poznał jego nowych znajomych i przekonał się, że pies jest szczęśliwy. Reks oprowadził go po raju, pokazał mu plac z czekoladowym pomnikiem Doktora Dolittle. Na ulicę Dręczycieli dostawali się w snach chłopcy, którzy zamęczali swoje psy. Chłopiec trafił także do psiego cyrku, do zakładu fryzjerskiego. Zwiedził ulicę Biszkoptową, ulicę Białego Kła. Pobyt Adasia w psim raju trwał 12 dni. Chłopcu bardzo podobało się w tym nowym miejscu, jednak brakowało mu akademii i kolegów. W końcu przybył do niego Mateusz. Instruowany przez Pana Kleksa pomógł Adasiowi powrócić do akademii.
Pewnego dnia chłopcy wybrali się do fabryki dziur pana Bogumiła Kopcia. Pan Bogumił był linoskoczkiem. Było to jednak tylko jego hobby. Chłopcy byli zdumieni tym, co zobaczyli. Gdy wrócili do akademii zobaczyli, że cały budynek opanowały muchy. Kleks powiększył pająka Krzyżaka. Ten owszem zjadł muchy, ale jego pojemność była ograniczona, najadł się i zmalał. Muchy wykorzystały ten fakt i rozerwały biedaka. Ale Pan Kleks był bardzo pomysłowy i postanowił skonstruować pułapkę z gumy arabskiej, mydła i wody. Muchołapka zadziałała i akademia pozbyła się natrętów.
Niedługo po pladze much fryzjer Filip opuścił akademię po kłótni z nauczycielem. Zanim wyszedł wyznał, że wkrótce Pan Kleks może spodziewać się gościa. Pan Kleks tak się zdenerwował, że zabrał całą wodę ze stawu, aby ugasić palące go w kieszeniach płomyki. Chłopcy zaczęli ratować ryby, które umierały bez wody. Żaba z młodymi przeniosła się do innej bajki.
Oko wysłane na księżyc wreszcie powróciło. Pan Kleks dzięki niemu oglądał z nieskrywanym zaciekawieniem życie ludzi na księżycu. Następnie Pan Kleks jak zwykle odczytywał sny chłopców. Przyszła kolej Adasia Niezgódki. Sen opowiadał o podróży Pana Kleksa i uczniów do Chin. W czasie wyprawy podróżników zaskoczyła burza. Adaś chciał uratować pociąg skonstruowany z czajnika i pudełek po zapałkach. W tym celu do sześciu szklanek zebrał chmurę. Niestety w ten sposób pozwolił Słońcu świecić bez przerwy. To z kolei doprowadzało do wysuszenia wszystkiego dookoła. Aby uratować sytuację Adaś uwalnia po kolei deszcz, śnieg, wiatr, grad, błyskawicę. Na końcu pojawia się grzmot, który zjada Pan Kleks. Niestety po tym wydarzeniu Ambroży rozpadł się na wiele małych Kleksów. Reszta uczniów zamieniła się w widelce. Jednego z miniaturek nauczyciela Adaś schował do siódmego słoika.
Powrócił fryzjer Filip przyprowadzając Anatola Kukuryka i lalkę, Alojzego. Pan Kleks ożywił lalkę. Lalka uniemożliwiała przygotowania do uroczystości. Adaś pozbył się lalki zabierając ją na polowanie.
Nadszedł moment, w którym Pan Kleks opowiedział chłopcom, co takiego pokazało mu oko. Opowiadał o Lunnach, ludziach księżycowych. Ich władcą okazał się król Niesfor. Przybycie Alojzego przerwało opowieść W akademii zaczęło się źle dziać. Nic nie było już takie jak dawniej. Zbliżała się wigilia. Ambroży oznajmił chłopcom, iż będzie to ich ostania wspólna wigilia, później nastąpi koniec akademii i jego bajki. Alojzy zniszczył na oczach uczniów sekrety nauczyciela. Pan Kleks zniszczył więc lalkę. Fryzjer z bólem patrzył na swoje dzieło rozłożone na części. Groził nauczycielowi. Brama została otwarta i chłopcy rozeszli się do domów. Pan Kleks po pożegnaniu zmienił się w guzik od czapki szpaka. Okazało się, że historia Mateusza była zmyślona. Akademia zaczęła znikać na oczach chłopców. Szpak okazał się być autorem książki Akademia Pana Kleksa.
