Prus nie pomija również kwestii ideologicznego rozłamu wśród samych powstańców – obok radykalnych czerwonych, istnieją ugodowi biali (Dobrzański), którzy obawiają się zdecydowanych kroków i w gruncie rzeczy sabotują walkę. Tak zarysowany obraz ma jednoznacznie przemówić do czytelnika: powstanie to sprawa przegrana, ponieważ polskie społeczeństwo nie jest na nie gotowe, a ewentualne straty z pewnością przewyższą zyski. Na rzecz takiej pozytywistycznej tezy Prus wysuwa bardzo silny argument – buduje sugestywną postać zasłużonego weterana powstania listopadowego i to jego czyni przeciwnikiem styczniowego zrywu. Postać niesłusznie skrzywdzonego patrioty przemawia do wrażliwości odbiorcy i dyskredytuje powstanie od strony moralnej. Okazuje się bowiem, że jest to walka, w której giną nie tylko wrogowie, ale również uczciwi obywatele. Styczniowy zryw urasta wręcz do tragicznej w skutkach „omyłki”. Społeczeństwo powinno się zatem skupić na ideałach pozytywistycznych – gospodarczej i oświatowej odbudowie kraju.
Drugim, bardzo ważnym poziomem problematycznym „Omyłki” jest proces dojrzewania. Głównym bohaterem swojego utworu Prus uczynił siedmioletniego chłopca, Antka, który patrzy na wszystkie wydarzenia z niewinnej, dziecięcej perspektywy. Chłopiec uczy się dokonywać pierwszych ocen moralnych, będąc świadkiem tragicznej omyłki, w wyniku której ginie człowiek. Mamy tu zatem do czynienia ze swoistym wtajemniczeniem w brutalną naturę rzeczywistości. Świat Antka zmieni się na zawsze, a jego dojrzałe wybory z pewnością będą ukształtowane przez te trudne doświadczenia. Prus w postaci małego chłopca niejako portretuje dojrzewanie całego pokolenia polskich pozytywistów i wyjaśnia genezę ich postaw wobec narodowej sprawy.
