Tajemnica to jednak nie tylko miejsca, ale i wydarzenia. Mary nie rozumie, dlaczego nikt nie chce wyjawić jej źródła krzyków, które budzą ją w środku nocy i także w tym przypadku jest zdana na własną rękę w poszukiwaniach.
Tajemnicę posiada Ben Weatherstaff, który przez osiem lat po śmierci pani Craven zakradał się do tajemniczego ogrodu, by pielęgnować róże.
Tajemnicę stanowi umiejętność Dicka do „zaklinania zwierząt”, przynajmniej dla pozostałych bohaterów. Wszyscy są pełni podziwu dla chłopca, który potrafi sprawić, że zarówno lis, jak i jagnię czy wiewiórki nie odstępują go na krok. Tajemnicę dla jego matki stanowi fakt, że gdy tylko Dick zajmuje się ogrodem położonym przy ich domu, zasadzone warzywa są pełniejsze i większe.
Tajemnica otacza postać Archibalda Cravena, który przebywając stale w swoim gabinecie, rzadko kiedy daje się widzieć w innych częściach domu i służba wie o nim przeważnie z opowiadań, a nie bezpośredniego kontaktu.
