Tytuł „Tajemniczy ogród” można rozumieć nie tylko w sensie dosłownym, jako dawno opuszczone miejsce, w którym przed laty wydarzyło się nieszczęście i do którego trudno dotrzeć, ale także - w wymiarze symbolicznym - jako obraz postaw głównych bohaterów. Może być on ucieczką od cierpienia, lekarstwem na rany duchowe, ból i samotność, może wiązać się z przykrymi wspomnieniami, ale także przynosić radość i ukojenie. Może być on symbolem ludzkiej duszy, którą należy oczyścić z niepotrzebnego balastu złych wspomnień, przyzwyczajeń i nawyków.
Głównym problemem utworu jest szeroko rozumiana samotność, z którą borykają się bohaterowie. Każdy na swój sposób stara się jej zaradzić, choć nie zawsze są to dobre rozwiązania. Uciekanie z domu rodzinnego poprzez liczne wyjazdy (Archibald Craven), ciągłe rozmyślanie o śmierci i chorobie (Colin), czy bardziej pozytywne oddawanie się pracom ogrodowym (Mary), są tym, co odciąga uwagę bohaterów od faktycznego problemu. Spragnieni tak naprawdę kontaktu z drugim człowiekiem, w końcu orientują się, czego tak naprawdę brakowało im do szczęścia i pogody ducha. Także styczność z naturą zapewnia im odnalezienie wewnętrznej siły, która sprawia, że chcą, jak stwierdził Colin, „Żyć już zawsze!”.
Kolejnym aspektem jest też kwestia miłości rodzicielskiej. Mary nigdy nie było dane jej doznać, przez co stała się dzieckiem nieznośnym i nie wiedzącym, jak powinna zachowywać się w danej sytuacji. Znamienna jest scena, w której dziewczynka po raz pierwszy wypowiada słowo „dziękuję”, gdzie nie za bardzo wie, jak postępować, ponieważ nikt jej tego nie nauczył. W miarę upływu czasu nabywa ogłady i staje się życzliwa dla napotykanych na swej drodze ludzi, a ponadto widząc, że Colin tak samo jak ona kiedyś, nie wie, jak należy się zachować i co nakazują zasady etyki, stara się mu pomóc i naprowadzić na właściwą drogę. Ujmujące jest to dążenie dwojga młodych osób do odnalezienia się w świecie dorosłych, którzy ich zawsze lekceważyli. Wspólnymi siłami starają nauczyć siebie nawzajem, jak należy żyć.
Ale jest to także problem drugiej strony, mianowicie pana Cravena, który zupełnie nie potrafi się odnaleźć w roli ojca czy wuja. Prawdopodobnie nigdy wcześniej nie miał do czynienia z dziećmi, dlatego uważa, że wystarczą drogie prezenty, by jakoś je zadowolić. Dopiero w finale utworu odkrywa, że wystarczy chwila jego uwagi, by uszczęśliwić syna.
Bardzo ciekawy jest też aspekt „czarów” w utworze, które nie są niczym innym, jak pozytywnym nastawieniem do świata i nieustannym powtarzaniem, że wszystko będzie dobrze, że uda się wyzdrowieć i że nie należy skupiać się na złych rzeczach. Dick przyjmuje tę naukę w sposób naturalny, jednak dla Mary i Colina jest to zupełna nowość, chłopiec nazywa wprowadzenie tej zasady w życie „doświadczeniem naukowym” i przeistacza ją do rangi codziennego rytuału. Mary wierzy, że swoimi szeptanymi „czarami” pomaga kuzynowi wstać z wózka. Jedyną osobą sceptycznie nastawioną do takiej „magii” jest Ben Weatherstaff, który podczas „uzdrawiającego śpiewu” zwyczajnie zasypia. Jednakże dla dzieci jest to niepodważalny sposób na zmianę życia na lepsze.
Ostatnim ważnym elementem jest problem tajemnicy w utworze. Tajemniczy wuj, który znany z opowieści sprawia wrażenie strasznego, a okazuje się być człowiekiem jedynie smutnym i zagubionym, dziecko, które krzyczy po nocach i wpada w histerię, jest ukrywane przed światem, a tymczasem ogromnie potrzebuje wyjść temu światu naprzeciw. Niedomówienia i szepty służby okazują się być krzywdzące (garbaty Colin, który rychło umrze) i nikt nie próbuje poznać prawdy, są tym, co przy cudowności tajemnicy ogrodu i niezwykłości ogromnego domu o stu pokojach, stanowi drugą, mniej pozytywną stronę medalu. Jak widać, tajemnica może być zarówno dobra i nęcąca, jak zła, krzywdząca i niepotrzebna.
