Jest to historia młodego, niezwykle wrażliwego człowieka, który musi skonfrontować własne ideały z okrutną, jak mniema rzeczywistością. Werter wyposażony jest we wszystkie atrybuty, które powinna posiadać jednostka duchowo nieprzeciętna: interesuje się literaturą, maluje, jest niezwykle czuły na każdy gest i słowo, intensywnie rozmyśla na temat swojego życia i miejsca w społeczności, potrafi krytycznie spojrzeć na zastane zasady i konwenanse. Całe wewnętrzne bogactwo przyczynia się jednak do poczucia wyobcowania, niezrozumienia i odrzucenia przez innych.
Werter jest prawdziwym bohaterem swojej epoki: instynktownie zwraca się do ludzi prostych, ponieważ czuje, że nie są oni jeszcze tak bardzo skrępowani regułami cywilizowanego świata, przez co zachowują wiele z pierwotnej szczerości. Nie powstrzymują swoich uczuć, myślą to, co mówią. Wielką rolę w historii Wertera odgrywa także przyroda, która wydaje się odgrywać znaczący wpływ na stan emocjonalny bohatera Goethego. Wiosną Werter zakochuje się w Lotcie, latem jego miłość rozkwita. Kiedy przychodzi jesień, bohater pogrąża się w marazmie i cierpieniu. Wraz z tym, jak za oknem przyroda powoli szarzeje, ogarniają go coraz większe udręki. Zimą popełnia samobójstwo. Jego życie i śmierć są więc nierozerwalnie związane z naturą.
Najistotniejszym elementem powieści jest miłość, przeżywana zgodnie z nastrojami epoki. Dla Wertera jest to jedyna wartość, która może nadać sens życiu. Powoduje bowiem, że człowiek jest zdolny przeżywać radykalne, niezwykle mocne uczucia doprowadzające do prawdziwej pasji. Trudno więc ostatecznie rozstrzygnąć, czy spokojne życie u boku Lotty byłoby dla bohatera szczęśliwe. Na pewno czuje się on szczęśliwy na chwilę przed planowanym samobójstwem. Jest przekonany, że w głębi serca Lotta go kocha, a jednocześnie wydaje mu się, że przez swoją śmierć poniesie ofiarę dla ukochanej. W tym momencie spotykają się więc dwa sprzeczne, jak się wydaje, uczucia: rozpacz oraz radość. Do jednoczesnego odczuwania takich emocji zdolna jest, według preromantyków, a później romantyków, tylko jednostka wybitna, obdarzona nieprzeciętną wrażliwością.
Istotna dla wymowy powieści jest także jej konstrukcja. Całą historię Werter opisuje w listach do przyjaciela. Nie są to suche sprawozdania z codziennych wydarzeń, ale relacja z duchowych stanów bohatera. Taka forma korespondencji była bardzo popularna w czasach Goethego. Ceniono wówczas wrażliwość często zabarwioną sentymentalizmem, a list wydawał się idealną formą ekspresji dla tego typu uczuć.
Na koniec warto zaznaczyć, że Goethe występuje w powieści w roli wydawcy autentycznych listów Goethego. Miało to przekonać czytelników o prawdziwości opowiedzianej historii.
