Tytułowy tajemniczy ogród stanowi w utworze główne miejsce akcji i przemiany bohaterów. Jest to miejsce pełne róż, posiadające swoją historię. Pani Craven była do niego przywiązana tak bardzo, że jej śmierć ma wymiar niemal symboliczny – została przygnieciona właśnie w tym ogrodzie urwanym z drzewa konarem. Od tego czasu ogród zostaje zamknięty i zaniedbany (nie licząc wysiłków Bena Weatherstaffa, który co roku podcinał pnącza róż), do tego stopnia, że opowieści o nim urastają do rangi legendy wśród okolicznych mieszkańców.
Dla każdego z bohaterów jest to miejsce o zupełnie innym wymiarze znaczeniowym: Mary widzi w nim niezwykłość i tajemnicę oraz szansę na poznanie świata, którego dotąd nie znała, Colin twierdzi, że „magiczne” właściwości ogrodu są w stanie przywrócić mu zdrowie, pan Craven dostrzega w nim wspomnienie po zmarłej żonie, którego chce uniknąć, zamykając furtkę, Ben Weatherstaff przez pielęgnację róż wyraża miłość do swojej pani, która go opuściła, a Dick i jego matka mają nadzieję, że ogród jest miejscem, które pomoże osamotnionym dzieciom. Każda z tych perspektyw podkreśla wielowymiarowość ogrodu, a zarazem podkreśla, jakie znaczenie ma natura w życiu człowieka.
