Płonące stosy i nieugięta postawa młodego kapłana dowodzą, że nowy bóg nie jest wcale lepszy od starego żądającego krwawych ofiar. Skromny Człowiek na osiołku zaś nie potrafi ułaskawić tłumów i przekonać je do patrzenia na innych przez pryzmat miłości. Ludzie pragną potężnego władcy, który nad nimi zapanuje, dlatego szybko odwracają się od prostego i łagodnego Człowieka. Ezra rozumie tę ludzką potrzebę i dlatego sprowadza do świątyni figurki, koronki, skarby. Ludzie wolą bowiem czcić piękne symbole potęgi, aniżeli prawdziwych bogów, co pokazuje też, że łatwo ulegają próżności.
Kończąca powieść wizja głównego bohatera, w której wszyscy bogowie zstępują na ziemię, stanowi odwrócenie powielanego w literaturze obrazu końca świata. Tutaj to nie ludzie zmartwychwstają, lecz bogowie – powołani niegdyś przez ludzką wiarę, a później w równie łatwy sposób zapomniani i strąceni do niebytu. Wszyscy bogowie okazują się być sobie równi, nie ma wśród nich najważniejszego bóstwa. Każdy z nich jest taka samo istotny. Przybywają na ziemię nie po to, aby sądzić ludzi, ale po to, by podziękować im za wiarę, pamięć i miłość.
Żaden bóg nie jest lepszy od innego – w każdego można tak samo wierzyć i mu ufać. Bóg Ezry nie różni się niczym od boga Ariela czy Światowida, któremu cześć oddają dawne plemiona. Ważne jest natomiast tylko to, co można dzięki wierze zyskać – stać się lepszym, bardziej wartościowym. Wiedzą o tym tylko szaman i Isak i tylko oni rozumieją, że bóg tak naprawdę jest wszędzie, jego obecność nie ogranicza się wyłącznie do posągów. Wystarczy odnaleźć w sobie umiejętność dostrzegania dobra w świecie, w którym jest go pełno.
„Samotność bogów” przedstawia też obraz postępującej cywilizacji. Jon jest świadkiem zachodzących zmian, które go fascynują, ale też budzą obawy. Kolejne pokolenia ulepszają swoje domy, budują coraz bezpieczniejsze osady, ludzie wznoszą świątynie, a także budują drogi, które ułatwiają podróż do miasta. Wraz ze śmiercią szamana ludzie porzucają pradawną, tajemną medycynę i zaczynają coraz mniej rozumieć puszczę. Cywilizacja nieodłącznie wiąże się z wiarą. Obie je przynoszą ludzie w długich sukniach. Obie też wymuszają wiele zmian – zarówno tych pozytywnych, jak i negatywnych. Wymagają też tego, aby ludzie się do nich przystosowali i umieli je docenić.
Jon nie chce, aby jego syn miał wątpliwości na temat wiary, gdyż zawsze rodzą one cierpienie. Prawda niestety nigdy nie jest jednoznaczna i niekiedy trudno ją przyjąć i zaakceptować. Odkrywa to dopiero kapłan Isak. Ezra natomiast, w przeciwieństwie do niego, każdego, kto ma inne niż on poglądy, uznaje za heretyka. To właśnie tacy ludzie jak Ezra stają się okrutni i bezwzględni – w obronie swojego boga są gotowi zabijać i nie boją się niczego. Isak wierzy natomiast, że nawracać ludzi można tylko poprzez okazywane im dobro i miłości; nie przez biczowanie i grożenie ogniem piekielnym, sądem i płonącymi stosami.
Powieść pokazuje też, że potrzeba wiary uwzniośla i dowartościowuje człowieka. To wiara stanowi źródło konieczne do rozwoju i budowy cywilizacji. Terakowska daleka jest jednak od tego, aby stan pierwotności uznawać za lepszy od świata oświeconego – Światowid to również okrutny i krwiożerczy bóg, a nowa wiara wcale nie jest lepsza od starej. Wydaje się, że autorce bliższa jest myśl, że zło (w tym również to religijne) jest wynikiem zadufania człowieka, jego ciemnoty umysłowej i zamknięcia się tylko w swoich przekonaniach. Wynika ono też z braku zrozumienia i współczucia dla tego, co obce, a także z zamknięcia się na niedostępną zmysłami, tajemniczą sferę naszego życia.
„Samotność bogów” należy do gatunku prozy dydaktycznej, w której poznajemy stereotypowe zachowania ludzi, ugruntowujące się z każdym pokoleniem. Ludzie z wioski Jona nie są wcale źli (pomimo że przekroczył Tabu, wcale się go nie wyrzekają). Terakowska pokazuje nie jedynie, w jaki sposób można naruszyć utrwalone przeświadczenia, ale również uświadamia, jak trudno to zrobić.
