Niestety któregoś dnia jego ojciec będący niemieckim oficerem zostaje mianowany na stanowisko komendanta obozu koncentracyjnego. Cała rodzina Bruna musi więc teraz przenieść się na wieś, co niezbyt cieszy chłopca. Bruno nudzi się tu, gdyż nie chodzi do szkoły i nie ma kolegów. Pozostaje mu więc tylko czytanie książek i bawienie się na huśtawce. Trudno mu odnaleźć się w nowej sytuacji i się do niej przystosować. Bruno nie radzi sobie też z przyswajaniem nazistowskiej ideologii, dlatego ojciec zatrudnia nauczyciela historii.
Któregoś dnia gdy Bruno wygląda przez okno, widzi „farmę”. Okazuje się, że to obóz koncentracyjny, do którego Bruno nie mógł się zbliżać. Razu pewnego chłopiec postanowił jednak złamać zakaz. Wymknął się z domu i w obozie poznał Schmula – Żyda ubranego w pasiastą piżamę z wyszytym numerem na piersi.
Bruno sądzi, że Żydowi nie dzieje się w obozie nic złego – ma tu kolegów i sporo wolnego czasu na zabawę. W ogóle do niego nie dociera, że za kolczastym drutem może rozgrywać się prawdziwy dramat. Po jakimś czasie Schmul wyjawia mu prawdę – mówi, że miejsce, w którym się znajdują, to wcale nie farma, a ubrany nie jest w piżamę i że numer, który Bruno tak bardzo pragnie mieć, to wcale nie numer gracza. Bruna dziwi to, że ludzie za ogrodzeniem noszą przez cały czas piżamy.
Po jakimś czasie między chłopcami rodzi się przyjaźń, co dla wielu byłoby nie do pomyślenia: niemiecki chłopiec przyjaźni się z Żydem! Bruno rozumie, że nie powinien tego robić i że jest to niebezpieczne, lecz mimo to coraz częściej odwiedza Schmula. Któregoś dnia posuwa się jednak za daleko. Bruno obiecuje przyjacielowi, że pomoże mu odszukać jego ojca, który zaginął gdzieś w obozie.
Bruno przedostaje się do obozu (wykopał dół pod ogrodzeniem). Podobnie jak Schmul dostaje teraz piżamę, numer i czapkę. Dziwi się, że obóz, w którym się znalazł, jest inny niż ten, który widział na filmie – do tej pory postrzegał go jako coś dobrego, jako zwyczajne wakacje. Tu natomiast znalazł się w prawdziwym obozie pracy.
Któregoś dnia, gdy chłopcy byli w baraku Schmula, nagle wkroczyli żołnierze z nakazem opuszczenia baraku. Bruno i Schmul zostali zaprowadzeni do komory gazowej, gdzie kazano im się rozebrać. W tym czasie rodzice Bruna orientują się, że chłopiec gdzieś zniknął. Próbują więc go szukać. Co prawda ojciec będąc komendantem obozu mógł jeszcze powstrzymać egzekucję, niestety było już za późno – Bruno i Schmul zostali zagazowani razem z innymi Żydami.
