Powieść rozważa także kwestię dylematów moralnych, związanych z dokonywaniem przez człowieka wyborów, i ich skutków dla jego dalszego życia.
W utworze postawione zostało pytanie: Czy zabijanie ludzi po wojnie w imię rozkazu jest moralnie usprawiedliwione? Z jednej strony, padł rozkaz i żołnierz powinien go wykonać, gdyż jest to jego obowiązek. Z drugiej zaś - wojna dobiegła końca, a wiele rzeczy uległo przewartościowaniu. Czy więc wobec nowej, powojennej rzeczywistości można mordować ludzi w imię dawnego porządku?
Innym problemem, poruszonym w powieści, jest wątpliwość: Czy za cenę przetrwania należy zaprzedać się wrogowi i pomagać mu, podtrzymując machinę zagłady? Czy taką decyzję usprawiedliwia fakt, że tylko to pozwoli zniewolonemu człowiekowi, przetrwać we w miarę znośnych warunkach? Czy w obliczu widma śmierci wolno zatracić własną moralność, zasady, człowieczeństwo, by ocalić własną skórę?
Powieść, ukazując koleje losów jej bohaterów, uwypukla jednocześnie piętno, jakie odciska wojna na psychice człowieka. Wskazuje problem jej destrukcyjnego oddziaływania na tych, którzy przeżyli jej koszmar. Dotyczy to zarówno ludzi dorosłych, jak i młodzieży.
Z drugiej zaś strony powieść „Popiół i diament” przedstawia komunistów i powojenny porządek, jako coś pozytywnego, podczas gdy poczynania Armii Krajowej ukazane są przez pryzmat wątpliwości i wartości minionej epoki.
