Filozofia zawarta w dziele Diderota nie jest bliżej związana z żadnym kierunkiem filozoficznym. Kilka razy pojawiają się w nim odwołania do filozofów popularnych w dobie oświecenia takich jak Spinoza czy Rousseau, jednak ich idee nie są dokładniej analizowane. Filozofia Spinozy funkcjonuje w utworze jedynie w bardzo uproszczonej wersji, a jej wyrazicielem jest Kubuś, który twierdzi, że wszystko, co się wydarza, zapisane jest w górze. Taki pogląd nosi nazwę determinizmu. Zgodnie z nim każdy działanie wynika z poprzedzających je przyczyn, zatem wolna wola człowieka jest tylko złudzeniem.
Diderot rezygnuje z filozofii pojmowanej jako spójny system wiedzy o świecie, określający sens jego istnienia i przeznaczenie. Pojmuje ją raczej jako metodę, dzięki której można sformułować pewne zagadnienia czy też sproblematyzować wybrane zjawiska. Filozofia służy więc bardziej do stawiania pytań niż udzielania odpowiedzi. Uczy krytycznej postawy wobec świata i polegania na własnym rozumie. Taka krytyczna postawa reprezentowana jest w powieści przez Kubusia.
W wielu fragmentach utworu poruszana jest kwestia ówcześnie panujących stosunków społecznych. Diderot dużo uwagi poświęca duchowieństwu. Piętnuje hipokryzję księży, którzy nie stosują się do nauczanej przez siebie moralności, wytyka im głupotę, pożądanie władzy i chciwość (np. w historii o ojcu Hudsona). Trzeba jednak wyraźnie zaznaczyć, że autor kieruje ostrze krytyki przeciwko Kościołowi jako instytucji, nie wypowiadając się na temat wiary. Wynika to z wyraźnego w powieści podejścia socjologicznego: Diderota interesują przede wszystkim stosunki międzyludzkie, relacje w obrębie pewnych społeczności.
Ciekawym elementem powieści są obserwacje dotyczące małżeństwa (np. w opowieści o pani de la Pommeraye). Autor pojmuje je jako umowę zawieraną pomiędzy dwojgiem równych sobie osób. Małżeństwo może być rozwiązane w dowolnym momencie, jeśli tylko któraś ze stron ma ochotę unieważnić kontrakt. Właściwie w podobny sposób rozumiany jest związek pomiędzy sługą i panem. Kubuś nie jest już kimś, kto z powodu swojej niższości skazany jest na konieczność wysłuchiwania pańskich rozkazów, a służy Panu tylko dlatego, że sam się na to zdecydował. W powieści relacja zostaje nawet odwrócona. To Pan przypisany jest do swego sługi, ponieważ nie potrafi się bez niego obejść. Stąd też tytuł powieści: „Kubuś Fatalista i jego pan”, nie zaś, jak można by oczekiwać: Pan i jego sługa Kubuś.
Dzieło Diderota bardzo trudno zaklasyfikować do określonego gatunku. Tekst został oparty na schemacie powieściowym, ale schemat ten nieustannie jest podważany. Autor bardzo często rozbija fabułę poprzez coraz to nowe, poboczne wątki. W najciekawszych momentach wstawia długie komentarze narratora, po czym dopuszcza do głosu zniecierpliwionego czytelnika, w którego usta wkłada słowa ponaglające narratora do rozwijania głównej opowieści.
W ten sposób Diderot próbował zmieniać gusta literackiej publiczności. W wieku XVIII bardzo popularne były różnego rodzaju romanse i tak zwane powieści łotrzykowskie. Ich autorzy konstruowali wartkie i jednolite fabuły, w których najważniejszym elementem była dynamiczna akcja: szybkie przechodzenie od jednej przygody do drugiej. Takie utwory nie dostarczały zbyt wyrafinowanej rozrywki intelektualnej, ponieważ nie było w nich miejsca na refleksyjny ogląd zdarzeń i wyrobienie sobie własnego zdania.
„Kubusiowi...” najbliżej do gatunków takich jak powiastka filozoficzna lub powieść dygresyjna, ale z pewnością nie można powiedzieć, że dzieło Diderota w pełni realizuje jeden z literackich modeli.
