W pierwszej części opowiedziane są dzieje rodziny Małego K., zanim jeszcze pojawił się na świecie. Poznajemy zatem historię Ojca Starego K., a także dzieje domu, w którym bohaterowie mieszkają. Okazuje się, że dom ten odgrywa ważną rolę, gdyż jest elementem wiążącym akcję powieści. Niegdyś dom należał do zubożałej szlachty, która miała wynajmować mieszkania biedocie. W tej części pojawia się też – jak się później okaże – istotna dla dalszego toku powieści uwaga głównego bohatera, który zaznacza, że ojca Starego K. nikt nigdy nie bił i on też nigdy nie uderzył swojego syna. Bliżej zarysowana jest natomiast postać Starego K. – męża i ojca, człowieka nieprzewidywalnego, skłonnego do przemocy i brutalnego zachowania wobec bliskich. Tylko czasami potrafi zająć się dzieckiem (np. gdy mały choruje), ale zdarza mu się to niezwykle rzadko. Znacznie częściej bezlitośnie bije swego syna praktycznie bez powodu i czym tylko się da. Żona Starego K. tylko niekiedy występuje w obronie syna, gdyż pewnie boi się tak jak i on gniewu oprawcy. Mimo to wydaje się być dobrym, czułym i kochającym rodzicem, choć jednocześnie jest bezradna i nie umie przeciwstawić się tyranowi. Całą prawdę o tym straszliwym traktowaniu wyjawia przed nami małe dziecko – to z jego perspektywy, przefiltrowanej przez strach, wchodzimy powoli w akcję wydarzeń.
Część druga – „Wtedy” – to już opowieść o tym, jak dokładnie wygląda przemoc ojca wobec syna. Narratorem jest dziecko nieustannie bite, poniżane i maltretowane. Stary K. najczęściej do wymierzania kary używał pejcza, ale nie brak mu było również nowych pomysłów na poniżanie i gnojenie syna. Stosował nieludzkie metody wychowawcze, graniczące z obsesją (bicie, bicie, bicie). Był też pamiętliwy i zawistny – nigdy nie zapominał wymierzyć chłopcu zaległej kary. Dziecko żyło więc w niepewności jutra i w ciągłym strachu, czy zaraz nie padnie znów nowe uderzenie. Najczęściej chłopiec bity był długo i mocno. Opisy te są tak realistyczne, że chwytają za serce, a ból dziecka jest tak ogromny, że niemal udziela się czytelnikowi, wywołując w nas dreszcze.
Bicie i prześladowanie chłopca wydawało się nie mieć kresu. Litość wzbudza w nas jego paniczny, nieustający strach. Jego „miłość” do ojca przybierała formę graniczącą z nienawiścią, z drugiej strony – nienawiści graniczącej z miłością.
W tej części poznajemy zatem relacje, jakie łączyły członków rodziny i stosunki, jakie w niej panowały. Przede wszystkim cechowała je nieumiejętność porozumienia się dorosłych, ale także źle pojęta miłości – miłości między żoną i mężem, a także ojcem i synem. Życie w takich warunkach nie mogło dać chłopcu poczucia bezpieczeństwa i beztroskiego dzieciństwa. Nieustanne kłótnie i wszechogarniający strach doszczętnie burzą najpiękniejszy okres w jego życiu. Chłopiec wykończony fizycznie i psychicznie marzy nawet o tym, żeby wybuchła wojna, bo wtedy mógłby bezkarnie zabić swego ojca. Strach zagarnia również inne sfery jego życia – nie może czuć się bezpiecznie w szkole, w drodze do niej czy w sanatorium, gdyż zawsze znajdzie się ktoś, kto będzie go piętnował za jego pochodzenie (opluwanie przez innych chłopców). Dziecko ma wrażenie, że zewsząd czyhają na niego niebezpieczeństwa.
„Potem” zaś przedstawia historię domu i jego nowych mieszkańców już po odejściu dziecka. Stary K. jest w podeszłym wieku, ale nie umie pogodzić się ze swoją starością. Nadal przejawia on naiwny stosunek do ludzi i świata. Zaskakujące jest zakończenie tej opowieści stylizowane na biblijny koniec świata – ostatecznie tytułowy gnój zalewa wszystko i burzy cały dom, zasypując gruzami rodzinę K. W końcu więc sprawiedliwości staje się zadość i Boża ręka sprawiedliwości dotyka wszystkich. Zakończenie wyjaśnia więc genezę tytułu, który i tak można wieloznacznie rozumieć.
