Zjawisko inkwizycji było w Średniowieczu bardzo powszechne, podobnie jak rozbudowana kościelna organizacja tępiąca innowierców. Surowe kary spotykały tych, którzy nie zgadzali się w pewnych kwestiach z nauką Kościoła lub ostentacyjnie potępiali tę organizację. Kościół dopuszczał się widowiskowego karania niewierzących poprzez spalenie oskarżonych na stosie, aby zademonstrować innym, z jakimi konsekwencjami wiąże się nieposłuszeństwo. Wbrew temu, co głosił Kościół, działania takie nie miały na celu krzewienia wiary chrześcijańskiej, a jedynie umocnienie Kościoła, jako dobrze prosperującej organizacji napełniającej kieszenie duchownych. Hipokryzja księży wymagających od zabobonnego ludu życia zgodnego z kościelnymi nakazami sięgnęła w tym okresie zenitu. Normą stało się rozwiązłe i dostatnie życie prowadzone przez duchownych. Zakonnicy także nie odbiegali od tej reguły. Zakony gromadziły w swych piwnicach ogromne majątki, jednak zamknięcie w murach klasztornych nie pozwalało duchownym na tak hulaszczy tryb życia. Pieniądze zakony czerpały z wyzysku chłopów zapychając skarbce kosztem głodujących rodzin. Często zdarzało się, że najbiedniejsi utrzymywali swoich panów, a za odpuszczenie grzechów zmuszeni byli słono płacić. Skuteczną formą wymuszeń okazało się zastraszenie wierzących sądem ostatecznym. Debata na temat ubóstwa Chrystusa także wzbudziła wiele kontrowersji. Księża i biskupi przyzwyczajeni do dostatniego życia nie zamierzali oddać swych sygnetów, które podtykali pod usta każdemu. Z tego powodu skromni i uczciwi franciszkanie długo czekali aż Kościół zdecydował się zalegalizować ich zakon.
Ludność coraz częściej przeciwstawiała się zgubnym praktykom Kościoła i z tego powodu zaczęły tworzyć się odłamy, jak luteranizm czy kalwinizm.
Ludność coraz częściej przeciwstawiała się zgubnym praktykom Kościoła i z tego powodu zaczęły tworzyć się odłamy, jak luteranizm czy kalwinizm.
