Gdy w czasie obiadu dzieci dowiadują się, że ich ojcowie mają wyjechać na miesiąc do El – Fajum i że chcą zabrać ze sobą Stasia i Nel, gdy tylko Staś zacznie ferie, radości nie ma końca. Staś wypytuje o szczegóły, nie śmie jednak prosić, by mogli pojechać razem z nimi. Potem pan Tarkowski rozmawia z panem Rawlisonem o sytuacji politycznej, kraju, działaniach Mahdiego, który teraz zajmował Chartum i zamierzał opanować cały świat.
Późną porą odwiedza mężczyzn Fatma, żona Smaina i od progu błaga ich o wstawiennictwo. Rawlison i Tarkowski są zdziwieni, że przyszła do nich i to o takiej godzinie, od razu nabierają podejrzeń. Kobieta jednak zapewnia, że jej mąż nie był zdrajcą, a ona jest nieszczęśliwie uwięziona i nie może do niego pojechać. Inżynierowie podchodzą sceptycznie do jej histerycznego zachowania, Rawlison obiecuje jednak, że kiedy będzie w Kairze przynajmniej spróbuje uzyskać dla niej przepustkę.
Następnego ranka Rawlison i Tarkowski opuszczają Port – Said. Niedługo potem ojciec Nel przysyła depeszę, że nie udało mu się nic wskórać w sprawie Fatmy.
Tuż przed podróżą pani Oliver – opiekunka Nel, ulega wypadkowi – zostaje ukąszona przez skorpiona. Lekarz nie zgadza się na jej podróż z dziećmi. Staś interweniuje szybko i pyta ojca, co mają zrobić. Dostaje odpowiedź, że mają przybyć do niech wraz z murzynką Dinah, która teraz opiekuje się dziewczynkę. Staś natomiast ma być głównym dowodzącym podróży.
W czasie podróży koleją dzieci spotykają dwóch oficerów – pułkownika Glena i doktora Clary’ego. Jadą oni do Kairu na spotkanie z angielskim ambasadorem. Oferują też dzieciom swoją pomoc, jeśli kiedyś jeszcze uda im się spotkać, tym bardziej, że Clary jest krewnym Nel.
Gdy dzieci docierają w końcu do Medinet, radości i opowieściom z podróży nie ma końca. Dowiadują się również, że ojcowie zatrudnili do pomocy Chamisa, syna Chadigiego, którego znali wcześniej z Port – Saidu. Nel otrzymuj również niespodziankę od pana Tarkowskiego – jest to dwuletni pies rasy mastiff, o imieniu Saba (czyli lew). Dziewczynka jest bardzo szczęśliwa z powodu swojego nowego przyjaciela, który ma się nią odtąd opiekować.
Późnym wieczorem zjawiają się wysłani przez Fatmę wielbłądnicy – Idrys i Gebhr. Panowie Tarkowski i Rawlison zaznaczają jednak, że przez najbliższe dwa dni (Boże Narodzenie) nie planują żadnych wycieczek i żeby wrócili pojutrze. Tajemniczy goście przyglądają się uważnie dzieciom, po czym odchodzą w towarzystwie ujadania Saby.
Po świętach podróżni udają się na wycieczki w celu poznania okolic i ciekawszych miejsc. Są to m.in. ruiny Krokodilopolis, piramidy Hanara, jezioro Karoun.
Dowiadują się także, że pani Olivier ma nawrót choroby spowodowanej ukąszeniem i nie może przybyć, by opiekować się Nel. Tarkowski i Rawlison, którzy wyruszają w coraz to dalsze rejony, by nadzorować budowę, postanawiają zostawiać dziewczynkę przy Dinah i przysyłać do nich Chamisa z wiadomościami lub, by przywoził dzieci w miarę możliwości. Pewnego dnia okazuje się, że panowie muszą wyruszyć do bardziej oddalonego El – Fachen. Gdy po trzech dniach przybywa jak zwykle Chamis (co jednak trochę Stasia dziwi) i oznajmia, że za niedługo muszą udać się do Gharak (a nie El – Fachen), dzieci zastanawiają się, co było powodem zmiany miejsca, jednak posłusznie pakują swoje rzeczy. Po dotarciu na stację w Gharak, zastają Idrysa, Gebhra i dwóch Beduinów, a także przygotowane do podróży wielbłądy. Staś i Nel są rozczarowani nieobecnością ojców, ale dosiadają wielbłąda, w nadziei, że zastaną ich w namiocie, w którym mieszkają. Dzieje się jednak inaczej. Najpierw zwierzęta pędzą jak szalone i są ciągle poganiane przez Beduinów i Gebhra, potem zapada noc, a w końcu Staś odkrywa, że nie ma nawet śladu namiotów. Uświadamia sobie, że zostali porwani.
Tymczasem panowie Tarkowski i Rawlison oczekują dzieci w El – Fachen. Gdy te nie zjawiają się, zaczynają podejrzewać, że może nie zdążyły na pociąg. Dowiadują się jednak, że ich pociechy udały się wraz z Chamisem do Gharak, co dziwi ich niezwykle i najpierw podejrzewają, że to jakiś wybryk Stasia. Gdy przybywają jednak na stację w El – Gharak, dowiadują się, że owszem, były tu dzieci, ale odjechały na wielbłądach z grupą Sudańczyków i Beduinów. Inżynierowie odkrywają z przerażeniem, że ich dzieci zostały porwane. Zastanawiają się, co i kogo mogło do tego skłonić, i stwierdzają, że Staś i Nel mogą posłużyć jako okup w zamian z żonę Smaina – Fatmę oraz ich potomstwo. I także Chamis wraz z Idrysem i Gebhrem byli w to zamieszani. Postanawiają działać. Wystosowują najpierw podanie o urlop, a potem udać się w pościg w ślad za dziećmi oraz wzdłuż Nilu.
Chcąc się ratować Nel za namową Stasia,wyrzuca swoje rękawiczki, by zostawić jakiś ślad, jednak Beduini odnajdują je. Gebhr wymierzył Nel cios korbaczem, a kiedy Staś stanął w jej obronie, również dostał chłostę. Porywacze chcieli dostarczyć dzieci do Mahdiego, by dostać za nie wysoki okup. Na prośbę Stasia Nel dostaje lepsze warunki jazdy. Niedługo potem do uciekających dołącza Saba i porywacze pozwalają dzieciom go zatrzymać. W dalszej wędrówce spotykają na swej drodze różne przeszkody, jak burza piaskowa, deszcz, który sprawił, że muszą zrobić kilkudniowy przymusowy postój. Staś próbuje także ukraść broń oprawcom, jednak próba ta spełza na niczym, ponieważ zostaje przyłapany. Kara jednak omija go, bo Beduini boją się ogromnego Saby, który staje w jego obronie. Porywacze dowiadują się również, że wysłano pościg za dziećmi i postanawiają podróżować jedynie nocą. Gdy zaczyna brakować prochu strzelniczego, Staś dostaje rozkaz wydobycia go z nabojów. Mężczyźni nie zauważają jednak, że chłopiec ukrył parę sztuk. Natomiast gdy próbuje nauczyć Idrysa, jak posługiwać się sztucerem, tchórzy przed zabiciem porywaczy.
Dochodzą ich wieści o tym, że Mahdi zdobył Chartum, a generał Gordon poległ, co wprawia Beduinów w zachwyt, przyłączają się też do nich nowi towarzysze. W kraju Mahdiego zamiast owacyjnych powitań czekają ich jednak ataki okolicznych ludów. Spotykają też emira, który ofiaruje im nocleg i przestrzega, że Chartum jest teraz miejscem głodu i biedy. Mogą tam jednak zastać Smaina, a nawet samego Mahdiego. Idrys zaczyna chorować. Nikną też jego nadzieje na wielką nagrodę za dostarczenie białych dzieci.
Kolejnego dnia wyruszają w dalszą podróż odprowadzani przez tłumy zaciekawione dwojgiem białych dzieci. Po drodze natykają się na ślady niedawnych walk, wszędzie ścielą się trupy pomordowanych żołnierzy, nawet na wodzie, po której płyną łodzią do Omdurmanu.
Gdy docierają do miasta, są zszokowani tym, co widzą. Głód i nędza wyglądają z każdego zakamarka, ludzie tłoczą się, żebrzą, prowadzą koczowniczy tryb życia. Staś i Nel spotykają też Greka, który po usłyszeniu ich historii obiecuje im pomoc i wstawiennictwo u Mahdiego.
Dzieci są świadkami modlitwy i przemówienia Mahdiego. Wszyscy padają przed nim na twarz, oprócz chłopca. Przychodzi Grek z wiadomością, że wielki prorok chce ich widzieć. Poznał ich historię, będą musieli jednak przejść na islam.
Podczas spotkania z Mahdim, Staś dumnie oświadcza, że nie wyrzeknie się wiary chrześcijańskiej. Mahdi jest zaskoczony odwagą i zuchwałością chłopca. Mógłby go zabić, jednak to zaszkodziłoby jego dobremu imieniu. Poleca więc wysłać dzieci do Faszody i przekazać je w ręce Smaina. Chamis, Idrys i Gebhr zostają wynagrodzeni za wcześniejsze trudy, nagroda jest jednak nieadekwatna do ich oczekiwań. Mają oni także wyruszyć w dalszą drogę ze Stasiem i Nel. Idrys jest zmuszony zostać przez coraz poważniejszą chorobę. Gebhr może więc bez przeszkód wyżywać się na swoich zakładnikach i bić Stasia. Chłopiec zdany na siebie, podejmuje różne drobne prace, by zdobyć jedzenie dla Nel, a nawet żebrze.
Po tygodniu wyruszają w końcu do Faszody. Przed odjazdem przychodzi do namiotu Grek. Okłamuje Gebhra i resztę, że Mahdi kazał dobrze traktować Stasia i Nel i zabronił ich bić. Pożegnał się z dziećmi i dał chłopcu jedzenie oraz chininę (lekarstwo przeciw febrze). Polecił ich również opiece Hatima, który miał podróżować z nimi i został przekupiony, by chronić ich w drodze. Do karawany przyłącza się także czarnoskóry niewolnik Kali, który jest bardzo źle traktowany przez Gebhra.
Droga jest bardzo trudna i Nel jest coraz chudsza i bledsza. Przeżywa też ogromną stratę, ponieważ jej opiekunka Dinah umiera z wycieńczenia.
Po sześciu dniach docierają do Faszody. Nie ma tam jednak Smaina, który wyruszył na połów niewolników i dzikiego zwierza. Hatim postanawia wysłać dzieci jego śladami, jest szansa, że na niego trafią. Nel dostaje też od przyjaciela szejka Hatima czarnoskórą niewolnicę imieniem Mea.
Po trzech dniach wyruszają z Faszody przez puszczę razem z Gebhrem i Chamisem oraz innymi Bediunami. Szybko odnaleźli ślady Samina, który wypalał okoliczne lasy w poszukiwaniu zwierzyny. Podróżnikom grozi więc głód a także obawa przed atakami dzikich plemion zamieszkujących te tereny.
W jednym z wąwozów czeka ich niemiła niespodzianka. Na ich drodze staje lew. Gebhr postanawia ratować siebie i swoich towarzyszy i rzucić Stasia, Nel oraz Kalego na pożarcie bestii. Staś przekonuje go jednak, że może zabić lwa strzałem ze sztucera, na co w końcu tamten przystaje. Chłopiec trafia idealnie i powala zwierza na ziemię, po czym zabija także Chamisa, Gebhra oraz Bediunów, gdyż jest to jedyna okazja, by wyrwać się z rąk porywaczy. Dzieci zostają zdane wyłącznie na siebie w wielkiej i niebezpiecznej puszczy, razem z Kalim, Meą i Sabą.
Następnego dnia Staś postanawia wyruszyć w stronę Abisynii. Czeka ich jednak noc wśród dziczy, Kali i Mea rozbijają obóz i czynią tak każdego wieczoru. Staś rozmawia też z Kalim w jego języku i dowiaduje się, że niewolnik jest synem króla plemienia Wa – himów.
Gdy podczas jednego postoju Kali rozbija obóz pod drzewem, by uchronić ich przed ulewą, dzieci dochodzą odgłosy ryków lwów, wdrapują się więc na drzewo, by uchronić się przed śmiercią. Zwierzęta zabijają jednak dwa z czterech koni. Gdy wyruszają w dalszą podróż, natrafiają na kolejną przeszkodę w postaci oberwanej z urwiska skały, która nie pozwala im jechać dalej. Staś i Kali dostrzegają z góry wygłodzonego słonia, który nie mogąc się wydostać z pułapki, jest na granicy wyczerpania. Zaczęli więc karmić zwierzę melonami i trawą. Kali był rozczarowany, ponieważ liczył na to, że zabiją słonia i go zjedzą, jednak Nel nie chciała się na to zgodzić w żadnym wypadku. Niedaleko jego siedziby udało im się znaleźć też ogromny baobab, który mógł posłużyć im za mieszkanie w porze deszczowej. Zabrali się więc do urządzania jego wnętrza. Gdy „dom”, który Staś nazwał Krakowem był gotowy, podróżni postanowili zostać tam przez cały miesiąc.
Nel nadal opiekowała się słoniem, a pewnego dnia pod nieobecność Stasia zeszła nawet do jego siedziby, czym wprawiła w przerażenie chłopca, który właśnie powrócił z polowania. Spostrzegłszy jednak, że zwierze nie chce wyrządzić dziewczynce krzywdy, od tej pory pozwolił bawić się jej w jego pobliżu.
Zaczęły się kłopoty. Najpierw choroba Kalego pożądlonego przez pszczoły, potem konie pokąsane przez niebezpieczne muchy tse – tse, a także najgorsze z wszystkiego – choroba Nel. Staś domyśla się, że to febra, nie ma już jednak chininy dla dziewczynki. Mała ma ataki, halucynacje, gorączkę. Zrozpaczony Tarkowski nie wie, co robić.
Pewnego dnia dowiaduje się od Kalego, że w dżungli widać ślady jakiegoś obozu. Staś nie wie, czy jest to obóz wroga czy przyjaciela, jednak dla dobra małej Nel postanawia to sprawdzić i wyrusza w podróż w głąb dżungli. Po dwóch godzinach dociera do miejsca skąd odbija się światło i dostrzega leżącego Europejczyka. Okazuje się, że jest to Henryk Linde, podróżnik, który wraz z grupą oddanych sobie pomocników, przemierza afrykańskie obszary. Niestety jego oddani towarzysze zapadli w groźną odmianę śpiączki, a jego zaatakował dzik. Jest umierający i wie o tym. Pozwala Stasiowi zabrać duże zapasy jedzenia, a także dwa słoiki chininy. Staś ma zamiar powrócić do niego następnego dnia, po czym szczęśliwy ze zdobycia pożywienia wraca do obozu. Następnego dnia Linde jest jeszcze bardziej osłabiony, nie chce nawet jeść mięsa upolowanego przez Stasia. Daje mu natomiast wskazówki na dalszą drogę ich podróży. Wiedząc, że już wkrótce umrze, prosi chłopca, by ochrzcił jego czarnoskórych towarzyszy, a jego samego pochował po śmierci pod kamieniami. Poleca mu również zabrać jedynego małego chłopca imieniem Nasibu. Gdy niedługo potem podróżnik umiera, Staś i Kali zanoszą jego ciało do jaskini i odgradzają wejście przed dzikimi zwierzętami. Zabierają także małego Nasibu do swojego obozu.
Niedługo potem wyruszają dalej w kierunku góry, którą polecił Stasiowi Linde. Na jej szczycie znajdują opuszczoną wioskę i postanawiają się tam zatrzymać. Nel wraca do zdrowia i dobrze czuje się w nowym miejscu. Staś nazywa wioskę Nel na cześć dziewczynki, a całą górę górą Lindego. Dzieci spędzają również czas na robieniu latawców z wiadomościami i wierzą, że dotrą one do kogoś, kto im pomoże. Staś nawraca również Kalego, Meę i Nasibu na wiarę chrześcijańską i dokonuje uroczystego chrztu. W dalszej podróży przez dżunglę w towarzystwie Kinga, przed którym dzikie zwierzęta czują respekt, podróżnicy napotykają murzyńskie plemię i Kali oświadcza im, że Staś jest Wielkim Białym Panem, który zabija lwa piorunem, a Nel to Dobre Mzimu, czyli bóstwo, czym wprawia mieszkańców w strach i zachwyt jednocześnie. Nakazuje im również złożyć dary dla Nel na dalszą podróż. Wtedy ich radość zakłóca wycie wilka. Kali wyjaśnia Stasiowi, że jest to Złe Mzimu, zazdrosne o to, że jemu nie oddaje się już ofiar. Staś jednak wietrzy podstęp i okazuje się, że czarownik, który domagał się tak wielu darów, nie jest wcale czarownikiem, lecz zwykłym oszustem. Zostaje więc wypędzony. Przez kolejne wioski Staś i jego towarzysze są przyjmowani podobnie jak w pierwszej, Kali ciągle opowiada o zabijaniu lwa, i udaje im się odjeżdżać z dużymi zapasami jedzenia. Staś zabija także „złe wobo” – dzikiego kota, który zdaniem Kalego jest groźniejszy nawet od lwa.
W końcu docierają do rodzinnej wioski Kalego i zostawiając Nel i Meę, podejmują razem z Wa – himami walkę z plemieniem Samburu. Bitwa jest zacięta, ginie w niej nie tylko wódz nieprzyjaciół, ale także król Wa – himów, Fumba – ojciec Kalego. Jednak jego plemię wygrywa i między stronami dochodzi do rozejmu. Kali zostaje nowym królem, w zastępstwie swojego ojca i po królewsku przyjmuje Stasia i Nel.
Staś wiedział, że czeka go teraz najtrudniejsza podróż z wszystkich dotychczasowych. Postanawia wybrać się w kierunku wybrzeża oceanu, są to jednak miejsca pustynne, przez które ponoć nikomu jeszcze nie udało się przejść. Mimo tego Kali i Faru (nowy król Samburów) oddają chłopcu dużą część swoich ludzi, by towarzyszyli im w drodze. Po trzech tygodniach wyruszają w drogę. Bardzo szybko okazuje się, że przestrogi przyjaciół były słuszne. Pustynia zbliża się, upał doskwiera coraz bardziej, zaczyna brakować wody. Ludzie padają z wycieńczenia i nawet Nel traci siły. Czarownicy, zabrani z wiosek, by znów nie wprowadzili do nowo ochrzczonych przez Stasia plemion wierzeń pogańskich, zdradzają i kradną całe zapasy wody. Jest coraz gorzej. Wody zupełnie zabrakło. Staś, tak samo wyczerpany jak reszta, opiekuje się Nel ostatkiem sił. Ostatniej nocy na pustyni wszyscy padając na piasek, czekają na śmierć. Saba przybiega do leżącego Stasia, wyje i szczeka, a chłopiec rozumie, że być może wyczuł w pobliżu ludzi. Wystrzeliwuje więc racę świetlną, a gdy już traci nadzieję na odpowiedź, w odległości kilku kilometrów od nich również rozbłyska światło racy, a potem następne i następne. Staś poderwawszy więc swoich ludzi i każe im strzelać w niebo z broni, sam zaś razem z Nel zabiera konia i pędzi w stronę odległego obozu, spotykając w połowie drogi swoich dawnych znajomych, doktora Clary’ego i kapitana Glena.
Radości nie ma końca. Oficerowie są pełni podziwu dla samotnej wędrówki dzieci przez dżunglę i pustynię. Gdy Staś i Nel odpowiednio nabierają sił, udają się w podróż powrotną razem z obozem oficerów. Muszą za to pożegnać Kalego, na którego czeka jego kraj. Glen i Clary wysyłają też depeszę do ojców dzieci z wiadomością, że będą czekać na nich w Mombassie. Po drodze Staś i Nel opowiadają swoje przygody. Dowiadują się również, że wielki Mahdi umarł na zawał serca, a jego miejsce zajął Abdullah.
Pan Tarkowski i pan Rawlison, którzy już dawno pogodzili się z utratą dzieci, mimo licznych prób odnalezienia i uratowania ich, nie posiadają się ze szczęścia na wieść, że ich pociechy żyją i że wkrótce je zobaczą. Niezwłocznie udają się do Mombassy razem z panią Olivier. Chwila spotkania ojców z dziećmi jest pełna łez i radości zarazem. Decydują się udać do Suezu, a podczas podróży statkiem Staś i Nel opowiadają rodzicom, co spotkało je przez ostatnie kilka miesięcy.
Nel z ojcem wyjeżdżają do Anglii, a Staś na studia do Aleksandrii. Codziennie pisze listy do swojej małej przyjaciółki.
Po dziesięciu latach razem z ojcem wyjeżdżają do swych przyjaciół. Pan Rawlison decyduje się wydać osiemnastoletnią już Nel za Stasia, który teraz ma lat dwadzieścia cztery. Po śmierci ojca dziewczyny, państwo Tarkowscy postanawiają odwiedzić miejsca, które kiedyś mijali w podróży przez pustynię i puszczę. Jadą więc do Chartum, Faszody, Mombassy, gdzie spotykają Kinga otoczonego opieką. Okazuje się, że nawet po latach rozpoznaje swoich dawnych przyjaciół. Kali podobno ma się dobrze, udało mu się też sprowadzić do swego kraju misjonarzy, którzy nawracają ludność. Natomiast państwo Mahdiego już dawno upadło i rządy przyszły w ręce Anglii.
Po tej podróży młodzi wraz z ojcem Stasia osiadają na stałe w Polsce.
