Tomek mieszkał w Saint Petersburgu wraz z przyrodnim bratem u cioci Polly. Chłopiec był sierotą, nie miał innych bliskich. Często psocił i ciocia nie potrafiła poradzić sobie z jego zachowaniem.
Pewnego dnia Tomek wdał się w bójkę z eleganckim nieznajomym chłopakiem. Ciocia za karę kazała chłopcu malować w sobotę płot. Tomek bardzo chciał pograć z kolegami w piłkę, a malowanie sztachet było ostatnią rzeczą, na jaką miał ochotę. Pomysłowość Tomka przechodziła jednak wszelkie pojęcie. Zaczął udawać przed swoim kolegą, Benem Rogersem, że malowanie płotu to bardzo ciekawe zajęcie. Chłopiec zainteresował się nowym zajęciem i bardzo chciał przejąc pędzel od Tomka. Ten z udawaną niechęcią oddał narzędzie pracy i zachęcił kolejnych chłopców do nowej zabawy. Sam usiadł pod drzewem i obserwował, jak inni pracowali za niego. Koledzy paradoksalnie dziękowali sprytnemu koledze za jego łaskawość. Ciocia nagrodziła Tomka za jego pracę wręczając mu jabłko. Chłopiec wyszedł na podwórko bawić się z dziećmi. Urządzono bitwę i armia Tomka wygrała z armią Joe'go Harpera. Po bitwie chłopiec wycieńczony wysiłkiem wracał do domu i spotkał dziewczynkę, która rzuciła mu niespodziewanie stokrotkę pod nogi.
Pewnego dnia Tomek nauczył się na pamięć kilka wersów Biblii. Kuzynka Mary w nagrodę podarowała Tomkowi scyzoryk. Następnie rodzina ładnie się ubrała i udała do kościoła na mszę. Tomek zniósł dzielnie te ciężkie chwile, a w trakcie nabożeństwa wypatrywał swojej ukochanej. Dziewczyna wkrótce pojawiła się, a chłopiec próbował za wszelką cenę zwrócić na siebie uwagę dokuczając kolegom. Nagle pokazał właściwą liczbę różnokolorowych karteczek i wygrał Biblię. Ojciec dziewczyny był pod wrażeniem wiedzy młodzieńca i gratulował mu intelektu. Sędzia spytał Tomka jeszcze o imiona pierwszych apostołów. Chłopiec nie znał odpowiedzi na to pytanie.
W poniedziałkowy ranek Tomek nie chciał iść do szkoły i wymyślał kolejne dolegliwości. Ciocia jednak nie dała się nabrać, wyrwała jedynie chłopcu ruszającego się zęba. W drodze do szkoły Tomek spotkał Huckleberry'ego Fina. Huck niósł zdechłego kota, który jak twierdził jest wyśmienitym lekarstwem na brodawki pod warunkiem, że zna się odpowiednie zaklęcie. Chłopcy umówili się, że wybiorą się nocą na cmentarz i przetestują tą metodę. Wymienili się także wyrwanym zębem Tomka za kleszcze i Tomek udał się do szkoły. Chłopiec spóźnił się na zajęcia, a jedyne wolne miejsce znajdowało się obok nieznajomej dziewczynki spotkanej wcześniej. Koleżanka z początku nie wykazywała zainteresowania chłopcem, jednak z czasem zaczęły interesować ją jego rysunki. Nauczyciel jednak szybko przeniósł Tomka na jego dawne miejsce.
Tomek znudzony monotonnym tonem nauczyciela wpadł na pomysł, aby na ławkę wypuścić swój najnowszy nabytek. Szybko umieścił kleszcza na blacie i kierował jego krokami razem z Harperem, kolegą z ławki. W trakcie długo oczekiwanej przerwy Tomek wrócił z Becky, tajemniczą nieznajomą, do pustej sali, gdzie zmusił ją do złożenia pewnej obietnicy. Dziewczyna musiała przysiąc, że nigdy nie pokocha innego chłopca. Doszło do kłótni pomiędzy dziećmi i czar prysł. Tomek postanowił nie wracać już na lekcje. Rozmyślał o swoim życiu i doszedł do wniosku, że tak naprawdę ma ochotę zniknąć na jakiś czas. Ucieczkę z domu zaplanował na dzień następny, a tymczasem w nocy wyszedł przez okno na umówione spotkanie z Huckiem. Na cmentarzu chłopcy nie byli już tak odważni i z przerażeniem mijali kolejne groby. Nagle usłyszeli czyjeś głosy i przerażeni ukryli się za jednym z nagrobków. Po krótkiej chwili okazało się, że ów głosy należały do doktora Robinsona i dwóch miejscowych pijaków: Muffiego Pottera i Indianina Joe'a. Doktor rozkazał mężczyznom wykopać zwłoki Hossa Williamsa, który zmarł całkiem niedawno. Joe zażądał od doktora dodatkowej zapłaty, na co doktor nie chciał się zgodzić i doszło do kłótni. Indianin pchnął lekarza nożem pozbawiając go tym samym życia. Następnie wmówił pijanemu koledze, że to on dokonał zbrodni. Chłopcy, świadkowie morderstwa, przysięgli sobie, że nikomu nie powiedzą ani słowa o tym, co właśnie zobaczyli. Nagle po cmentarzu odbiło się echem wycie psa. Chłopcy zamarli na chwilę i zastanawiali się, co stanie się z ich duszami po śmierci, gdyż do aniołków nie należeli. Niebezpieczeństwo szybko minęło, ponieważ pies wył nad ciałem pogrążonego w błogim śnie Pottera. Malcy powrócili do swoich domów cały czas będąc pod wrażeniem nocnych wydarzeń. Rankiem ciotka, gdy dowiedziała się o wyprawie Tomka zaczęła rozpaczać narzekając, że nie potrafi należycie wychować dziecka mimo wszelkich starań. Tomek po raz pierwszy zmartwił się słowami ciotki i poczuł się bardzo niezręcznie.
Miejscowa ludność dowiedziawszy się o morderstwie i otwarciu grobu zebrała się na cmentarzu. Tomek z Huckiem także pobiegli na miejsce zdarzenia. Z wyrzutami sumienia słuchali, jak Indianin obciążał winą płaczącego Pottera. Tomek wrócił do domu i cały czas rozmyślał o niewinnym pijaku. Każda kolejna noc była koszmarem. Chłopca dręczyły wyrzuty sumienia i aby je zniwelować zakradał się w dzień pod okno celi Pottera i wsuwał do środka różne drobiazgi. Kolejnym zmartwieniem Tomka była choroba Becky Thatcher. Chłopiec bardzo się zmienił i z wesołego dziecka stał się smutny i osowiały. Ciotka próbowała leczyć podopiecznego, jednak lekarstwa były tak niedobre, że Tomek częstował nimi kota. Kiedy i tego ogarnęło szaleństwo ciotka wykryła oszustwo. Gdy Becky wróciła do szkoły uradowany Tomek po raz kolejny za wszelką cenę pragnął zwrócić na siebie jej uwagę. Dziewczyna początkowo nie reagowała na szczeniackie wygłupy, aż w końcu ostentacyjnie nimi wzgardziła. Tomek załamał się już całkiem i postanowił faktycznie uciec. Po drodze spotkał Harpera, który także podjął podobną decyzję. Chłopcy postanowili wciągnąć w swój plan jeszcze Hucka i rozpocząć pirackie życie. Dzieci umówiły się o północy. Każdy z nich miał za zadanie przynieść specjalne sprzęty, jak na przykład wędka, robaki, haczyki i oczywiście prowiant. W nocy chłopcy ukradli tratwę i wypłynęli w świat. Joe i Tomek czuli się źle ze świadomością kradzieży mięsa z lodówki i łódki. Postanowili, że jako piraci nigdy nie będą kraść. Gdy spostrzegli na rzece parowiec i uświadomili sobie, że to oni są poszukiwani bardzo się ucieszyli, że zauważono ich zniknięcie i ktoś troszczy się o nich. Tomek zakradł się pod okna swojego domu i z przyjemnością słuchał, jak ciotka w rozmowie ze zrozpaczoną panią Harper chwali Tomka. Joe i Huck coraz bardziej tęsknili za domem. Tomek namówił towarzyszy na zapalenie fajki i zabawę w Indian.
W niedzielę odprawiono mszę żałobną za dusze Tomka i Joego. Trzej przyjaciele niespodziewanie weszli do kościoła wywołując wielkie wzruszenie i radość. Jedynie powrót Hucka na nikim nie zrobił wrażenia.
Chłopcy wrócili do szkoły zgrywając bohaterów. Szczególnie w swoją rolę wczuł się Tomek. Stał się dumny i próżny nie zwracając uwagi nawet na Becky. Z tego powodu nie został zaproszony na piknik, a Becky w ramach zemsty zaczęła rozmawiać z Alfredem Temple'm. W tym czasie wyszło również na jaw kłamstwo o rzekomym cudownym śnie Tomka, który twierdził, że przyśniła mu się rozpaczająca ciocia i zasmucona ucieczką syna pani Harper.
Pewnego dnia podczas lekcji Becky niezdarnie przerwała stronę w książce nauczyciela. Bardzo obawiała się kary, ponieważ nigdy jeszcze nie zasłużyła sobie na bicie w szkole. Tomek wziął winę na siebie zyskując sympatię ukochanej.
Koniec roku nadchodził wielkimi krokami, a nauki było coraz więcej. Chłopcy wymyślili zemstę na panu Dobbinsie, który często bił dzieci za słabe wyniki. W trakcie uroczystości zakończenia roku przywiązali do sznurka kota, a następnie spuścili go z góry prosto na nielubianego nauczyciela. Zwierzę pazurami zaczepiło się o perukę mężczyzny i zdarło mu ją z czubka głowy.
Nadeszły wymarzone wakacje, jednak wolne od nauki dni okazały się nudne. Becky opuściła miasto i wyjechała do Konstantynopola, gdzie przebywali jej rodzice. Niedługo potem Tomek rozchorował się na odrę. Gdy wyzdrowiał rozpoczął się proces Pottera. Chłopiec nie potrafił poradzić sobie z wyrzutami sumienia. Stawił się na procesie w roli świadka i wyznał zebranym prawdę. Niestety Indianin Joe bardzo szybko zorientował się, co za chwilę nastąpi i uciekł przez okno. Tomek był dumny ze swojego czynu, ale w nocy bardzo bał się zemsty ze strony Joego.
Tomek żądny przygód postanowił wraz Huckiem znaleźć skarb. Wykopali wiele dołów, jednak skarbu nigdzie nie było. W końcu zdecydowali się wybrać do zaklętego domu. Gdy wreszcie weszli do środka nieoczekiwanie pojawiło się dwóch mężczyzn: „głuchoniemy” Hiszpan i Indianin Joe. Chłopcy podsłuchali, że mężczyźni zamierzają ukryć w tym domu sześćset dolarów i wyjechać do Texasu. Po opuszczeniu przez mężczyzn domu, chłopcy wykopali skrzynkę pełną złotych monet. Joe zauważył jednak na motyce ślady świeżej ziemi, nabrał podejrzeń i chłopcy nie zdołali już odłożyć skarbu na miejsce.
Nocą Tomek zakradł się do gospody, aby sprawdzić, czy numer drugi, o którym mężczyzna wspominał to numer jego pokoju. Tak też było. Chłopcy postanowili, że poczekają aż Indianin opuści gospodę i wówczas wyniosą skrzynię.
Do miasteczka powróciła rodzina Thatcherów. Urządzono z tej okazji piknik dla dzieci. W tym czasie Tomek zapomniał o skarbie i o stojącym na czatach pod gospodą Hucku. Huck poszedł za Joem aż pod dom wdowy Douglas, którą Indianin zamierzał okaleczyć za postępowanie zmarłego męża. Nieżyjący już sędzia kazał niegdyś wychłostać Joego publicznie przed umieszczeniem w więzieniu. Huck był przerażony i postanowił pobiec po pomoc do Walijczyka. Joego i Hiszpana zaczęła szukać policja. Huck podał ich rysopis prosząc, aby nie wydano jego tożsamości.
Z pikniku nie wrócił Tomek z Becky. Rozpoczęto poszukiwania dzieci. Tomek z dziewczyną podczas zabawy w chowanego zgubili drogę i nie potrafili wrócić do domu. Nagle usłyszeli jakieś głosy. Tomek w oddali dostrzegł Indianina Joego. Chłopiec pozostawił dziewczynę samą i wyruszył na poszukiwanie drogi. Dotarł do brzegu Missisipi skąd zabrała dzieci przepływająca łódź.
Minęły dwa tygodnie. Okazało się, że sędzia Tatcher kazał zamknąć wejścia do grot drzwiami, a klucze do nich schował u siebie w domu. Tomek opowiedział o kryjówce Indianina pod ziemią. Otworzono drzwi do pieczar i odnaleziono martwego Joego. Wkrótce Tomek z Huckiem udali się ponownie do pieczar, aby odzyskać skarb. Weszli pod ziemię wejściem, którym wcześniej wydostał się Tomek z Becky. Chłopcy planowali ukryć swój skarb, jednak po drodze spotkali Walijczyka, który kazał im udać się do domu wdowy, gdzie czekali na nich ludzie z miasta. Wdowa dowiedziawszy się, kto uratował jej życie przyjęła bohaterskiego Hucka pod swój dach. Tomek przyniósł znaleziony worek pieniędzy, aby udowodnić zebranym niezależność Hucka. Pieniądze ulokowano w banku, a sędzia postanowił pomóc chłopcu w dostaniu się w przyszłości na studia wojskowe, bądź prawnicze. Huck nieprzyzwyczajony do dostatniego i kulturalnego życia uciekł po trzech tygodniach z domu w wdowy i zaszył się w swojej beczce. Tomek odnalazł kolegę i zagroził, że nie przyjmie go do bandy zbójców, jeżeli nie nauczy się kultury i dopiero wówczas chłopiec postanowił wróci ć do cioci Douglas.