Powieść „Pani Bovary” składa się z trzech części. Pierwsza z nich prezentuje życie Karola Bovary. Poznajemy go, gdy trafia do gimnazjum w Rouen, następnie dowiadujemy się o bliższych faktach z jego życia. Mieszkający z rodziną na wsi, syn wojskowego chirurga, w wieku dwunastu lat rozpoczął naukę. Z początku bardzo enigmatyczną i tylko pozorną. Naukę pobierał w „przypadkowych okolicznościach, w zakrystii, na stojąco” od miejscowego proboszcza.
W wieku piętnastu lat został wysłany do gimnazjum w Rouen. Był pilnym, ale raczej średnim uczniem. Po skończeniu trzeciego roku rodzice Karola wysłali go do szkoły medycznej, by kształcił się na lekarza. Choć rodzice wierzyli, że w jakiś sposób ich syn dobrnie do egzaminu końcowego, przygnieciony ogromem wiedzy nie bardzo mógł połapać się na wykładach. Starał się nie opuszczać zajęć. Mieszkał w samotności. Konieczność liczenia tylko na siebie uczyniła z niego mężczyznę – „zaczął chodzić po knajpach i namiętnie grywał w domino”. Objawiły się w nim tłumione wcześniej skłonności, co doprowadziło do oblania pierwszego egzaminu. Matka wybaczyła błąd synowi. Ukrywając tajemnicę przed ojcem Karol uczył się do kolejnego egzaminu, który zresztą zdał z dobrym wynikiem.
Matka Karola oczekując ograniczenia życiowej swobody syna postanowiła w końcu go ożenić. Wówczas był początkującym lekarzem, dopiero zdobywającym szacunek pacjentów. Podczas jednej z wizyt u chorego poznał piękną Emmę. Przez cały czas pozostał pod wielkim urokiem córki pana Rouaulta. Żona Karola szybko spostrzegła odmianę męża, więc okazywała wyraźną zazdrość. Wówczas Karol postanowił zrezygnował z wizyt w Bertaux. Od czasu do czasu odwiedzał jednak rodzinę Rouaultów na wyraźne ich życzenie. W między czasie umarła żona Karola. Ten z początku nie potrafił pogodzić się ze śmiercią małżonki. Szybko pogodził się jednak z losem i postanowił poprosić o rękę Emmę. Wielki ślub i huczne wesele młodej pary odbyły się na wsi, ale już po ceremoniach młodzi zamieszkali w Tostes.
Karol bardzo kochał Emmę, co próbował okazywać na każdym kroku. W Emmie natomiast uczucie stopniowo wygasało. „Przed ślubem zdawało się jej, że go kocha, ale oczekiwane szczęście nie nadeszło” – czytamy w powieści. Emma próbowała za wszelką cenę dociec znaczenia słów „szczęście, namiętność, upojenie”, które znała z książek przeczytanych w klasztorze. Zaczęła szukać prawdziwej miłości, dociekać jej. Zadawała sobie pytania: „bo czyż miłość, jak egzotyczna roślina, nie wymaga właściwie przygotowanego gruntu i odpowiedniej temperatury?”, które od razu tłumaczyła: „Westchnienia przy blasku księżyca, długie uściski, łzy, które spływają na rozłączające się dłonie, gorączkowe życie zmysłów, czułe tęsknoty były nieodłączne od balkonów wielkich znaków, gdzie wiedzie się życie beztroskie, od buduaru o jedwabnych zasłonach, wysłanego puszystym kobiercem, z koszami pełnymi kwiatów, z łóżkiem na wzniesieniu, nieodłączne od połysku drogich kamieni i galonów liberii”.
Pani Bovary była znudzona życiem, zazdrościła innym dobrodziejstw i uciech. Chciała żyć jak bohaterowie romansów, które czytała. Pożądanie spotęgował jeszcze bal u markiza d’Andervilliers, gdzie posmakowała życia wyższych sfer. Nie dostając od rzeczywistości, tego, co by chciała - popadła w nerwicę. Choroba nerwowa Emmy doprowadziła w końcu do przeprowadzki państwa Bovary do prowincjonalnego miasteczka Yonville. Emma zorientowała się, że jest w ciąży.
Akcja drugiej części powieści odgrywa się w Yonville, już po przeprowadzce państwa Bovary. Małżonkowie poznają niektórych mieszkańców dużego osiedla, m.in. aptekarza Homaisa i młodego Leona Dupuisa, który jest pisarzem notarialnym przebywającym w miejscowości na praktyce. Yonville szybko okazało się miejscem równie nieciekawym dla Emmy jak Tostes. Ale największym atutem przeprowadzki była jej znajomość z Dupisem. Oboje potrafili doskonale się zrozumieć. Młody urzędnik podzielał zamiłowanie Emmy do literatury i sztuki. Między czasie Emma urodziła córeczkę, której nadali wraz z Karolem imię Berta. Jednak młoda matka była niezadowolona z porodu, gdyż czekała na przyjście na świat potomka o płci męskiej.
Pani Bovary, nadal marząc o życiu w zbytkach, roztrwoniwszy wcześniej majątek męża, postanowiła zapożyczyć się u kupca Lheureuxa. Nudę i niepowodzenia życiowe, których rzekomo doświadczała, rekompensowała sobie zakupami luksusowych, mało potrzebnych rzeczy. Niestety coraz bardziej oddała się od ludzi. Przerwała nawet spotkania z Leonem, który wkrótce wyjechał do Paryża, by studiować prawo. Emma była przygnębiona wyjazdem towarzysza do tego stopnia, że odechciało jej się żyć.
Nie trwało długo, gdy stratę Leona Emma zrekompensowała sobie bliską znajomością z arystokratą, Rudolfem Boulangerem. Mężczyzna pojawił się pewnego dnia w gabinecie Karola nie mógł oderwać wzroku od pani Bovary. Arystokrata postanowił uwieść Emmę i szybko dopiął swego. Każdego ranka Emma wymykała się z domu, by w posiadłości arystokraty oddawać się seksualnym rozkoszom.
Pani Bovary zorientowała się po jakimś czasie, że kochanek stracił zainteresowanie jej osobą. Postanowiła zmusić męża do czegoś, co by spowodowało, że stanie się dla niej atrakcyjny. Nakłoniła Karola do eksperymentalnej operacji stopy stajennego Hipolita. Zabieg niestety okazał się być nieudanym. Emma zamiast współczuć mężowi okazała mu jeszcze większą niechęć. Chciała uciec ze swoim kochankiem, Rudolfem, ale ten zakończył trwający od trzech lat romans jednym listem. Emma popadła w jeszcze większą depresję i nie wychodziła z łóżka przez kolejne dwa miesiące.
Karol widząc cierpienie żony, które nie potrafił sobie wytłumaczyć, postanowił zabrać ją do opery w Rouen. Na miejscu okazuje się, że Emma spotkała niewidzianą od lat miłość, Leona. Karol po spektaklu wrócił do Yonville sam, ponieważ Emma zażyczyła się spędzenie jeszcze jednej nocy w Rouen. Ona i Leon zdecydowali się w końcu na romans. Żeby raz w tygodniu spotkać się z kochankiem pani Bovary wymyśliła lekcje gry na fortepianie. W między czasie dług u pana Lheureuxa urósł do horrendalnych rozmiarów. Nie wiedziała jak spłacić zadłużenie, dlatego postanowiła zapożyczać się u innych. Intensywny romans głównej bohaterki z Leonem tracił jednak powoli swą magię, aż kochankowie stali się sobie zupełnie obojętni.
Niepowodzenia w miłości potęgowały groźby Lheureuxa. Kupiec straszył Emmę, że jeśli nie odda całego zadłużenia, to zarządzi egzekucję majątku jej męża. Pani Bovary zorientowała się, że Karol mógłby odkryć jej grzechy i zupełnie nie wiedziała, co ma robić w tak trudnej sytuacji. Pomocy szukała u byłych kochanków, ale bezskutecznie. Rozważała nawet poświęcenie się prostytucji, jednak myśl o kompromitacji odwiodła ją od pomysłu. Główna bohaterka popadła w obłęd, a jednym wyjściem okazało się samobójstwo. Emma otruła się arszenikiem
Karol cierpiał po stracie żony. Wytykał Bogu niesprawiedliwość, miał do Niego pretensje. Zupełnie poczuł się oszukany, gdy znalazł korespondencję małżonki z Rudolfem i Leonem. Zdał sobie sprawę, że kobieta, którą kochał całym sercem zdradzała go przez wiele lat. Na wieść o oszustwach żony, umarł. Osierocona Berta Bovary trafiła do ciotki.
Opis czasu i miejsca akcji:
Akcja powieści „Pani Bovary” została umieszczona w XIX wieku. Flaubert przedstawiając życie skromnego Karola i rozmarzonej Emmy dokonuje wiwisekcji mieszczańskiej sfery, której gorąco nienawidzi i z chęcią krytykuje.
Akcja powieści toczy się aż w czterech różnych miejscach. Na początku poznajemy niewielkie miasto położone we Francji – Rouen, z którego pochodzi Karol Bovary. Tam się wychował i uczęszczał do szkoły.
Wraz z Karolem wędrujemy także do wioski Bertaux, gdzie lekarz poznał piękną Emmę. Odwiedzamy też miasto Tostes, w którym zamieszkują państwo Bovary. Karol odbywa tam praktyki lekarskie. O tych miejscach wiemy niewiele. Flaubert skupia się na opisie Yonville, gdzie Emma i Karol przeprowadzają się w wyniku jej nerwicy, dla poprawienia jej samopoczucia. Prowincja miała wyleczyć panią Bovary ze złego samopoczucia psychicznego?
Yonville-Opactwo leży w powiecie Neufchâtel, osiem mil od Rouen, między drogą do Abbeville a drogą do Beauvais. Jest to spore osiedle nazwane od położonego tam niegdyś opactwa kapucynów. Jak dowiadujemy się od Flauberta jest to na pograniczu Normandii, Pikardii i Île-de-France, gdzie język nie ma akcentu, kraj nie ma własnego oblicza, zaś pejzaż jest zupełnie pozbawiony charakteru.
W Yonville nie ma prawie nic do zobaczenia, bo „ulica (jedyna zresztą), długa na odległość wystrzału, przy której stoi kilka sklepików, urywa się nagle na zakręcie. [...]”. Jedyne, co godne uwagi, to merostwo „w stylu greckiej świątyni”.
„Same hale, to znaczy szopa, pokryta dachówką i wsparta na dwudziestu słupach, zajmują prawie połowę głównego placu Yonville. Merostwo w stylu greckiej świątyni, zbudowane według rysunku architekta z Paryża, tworzy narożnik sąsiadujący z domem aptekarza. [...]”.
Jak widać w języku Flauberta opisującym Yonville pojawia się słownictwo nacechowane negatywnie; pisarz chce ukazać nudne miejsce i społeczno-gospodarczą stagnację. Wszystko się tutaj psuje i rozpada, stąd Yonville nazywane jest martwym osiedlem.