W „Krzyżakach” najważniejszym motywem jest motyw zakonu. Już sam tytuł powieści sugeruje, kto będzie najważniejszy. Obraz zakonników jest zdecydowanie negatywny i odbiega od wizji przyjętej w świecie chrześcijańskim. Zakonnicy są okrutni i bezwzględni w swoich czynach. W imię obrony wiary chrześcijańskiej popełniają najstraszliwsze zbrodnie – mordują niewinnych, porywają dzieci. Są chciwi na bogactwa, nie boją się kraść i grabić, by zdobyć jak najwięcej dla siebie. Sądzą, że skoro wszystko czynią w imię zakonu, to nie muszą być poddani moralnej ocenie. Wydaje im się, że stoją ponad prawem – nie tylko ziemskim, ale przede wszystkim ponad prawem boskim.
